Toaleta w samolocie działa zupełnie inaczej niż zwykła toaleta. Każda muszla klozetowa ma dwa zawory. Zawór wodny i zawór spłukujący. Zawór wodny dostarcza wodę ze zbiornika wody pitnej do spłukiwania nieczystości z toalety, a zawór spłukujący odprowadza nieczystości. Po naciśnięciu przycisku spłukiwania w toalecie jednostka sterująca otwiera zarówno zawór wody, jak i zawór spłukujący, umożliwiając wypłukanie wody z muszli klozetowej do zbiornika na ścieki.

Na poziomie gruntu ciśnienie spłukiwania zapewnia generator podciśnienia. Generator ten jest zasilany elektrycznie i jest podłączony rurociągiem do zbiornika na odpady. Za każdym razem, gdy przycisk spłukiwania jest wciśnięty, generator podciśnienia włącza się, tworząc podciśnienie w zbiorniku na nieczystości, co umożliwia opadanie odpadów z toalety do zbiornika. W powietrzu i powyżej pewnej wysokości różnica ciśnień między kabiną a atmosferą jest wystarczająca do wciągnięcia nieczystości z muszli klozetowej do zbiornika na nieczystości. Generator podciśnienia nie jest więc już potrzebny.

W niektórych starszych i mniejszych samolotach toaleta jest typu recyrkulacyjnego. W tym typie toalety nie występuje zbiornik na nieczystości. Zamiast tego używany jest zbiornik retencyjny z roztworem płuczącym. Ten płyn do płukania zawiera środki dezynfekujące, które nadają wodzie niebieski kolor. W zbiorniku retencyjnym znajduje się pompa i filtr. Obsługa toalety recyrkulacyjnej jest podobna do toalety próżniowej. Jedyna różnica polega na tym, że po opróżnieniu zbiornika do przechowywania należy go ponownie napełnić lub naładować nowym płynem do płukania, ponieważ wymaga on tego płynu do płukania.

Czasami tego typu toalety mogą przeciekać. Dzieje się tak głównie z powodu niewłaściwej konserwacji toalety lub awarii elementów. W locie wszelkie ścieki z systemu toalet mogą zamarznąć, co może pozostawić linię zamarzniętego płynu płuczącego na kadłubie samolotu. Zamrożony roztwór może nawet spaść z samolotu. Tak jakby toaleta była obsługiwana niebieskim środkiem dezynfekującym, powstały lód może być niebieski. Nazywa się to czasem niebieskim lodem.